學生於第二學年上學期結束前需選定指導教授，並由指導教授組成論文輔導委員會，此委員會置委員三至五人(含指導教授)，並由學程召集人指定委員一人擔任召集人(指導教授不得擔任召集人)。
通過資格考後，應向論文輔導委員會提出博士論文研究計畫，每學年進行至少一次進度報告；學生自三年級起，每學年應對學位學程全體師生以英文進行進度報告。
在學程研討會中進行口頭報告者，可抵免一次進度報告。
如有更換指導教授情形，須於一年內組成新的論文輔導委員會。
※請參閱：論文輔導委員會實施辦法
※檔案下載：論文輔導委員會提名表單、博士候選人研究進度報告意見表